De elektronische uitgever van facturen kan tot 48 uur na de datum en het tijdstip van goedkeuring van de DTE door de SIFEN verzoeken om annulering van de elektronische factuur, en tot 168 uur (7 dagen) na de datum en het tijdstip van goedkeuring van de DTE. Als gevolg hiervan wordt de DTE geregistreerd met de status "geannuleerd" in de SIFEN. De DTE die door de uitgever wordt geannuleerd, heeft geen rechtsgeldigheid of fiscale geldigheid ter ondersteuning van belastingafschrijvingen en/of -kredieten, evenals inkomsten, kosten en/of uitgaven.
Voor de annulering van een goedgekeurde elektronische factuur, waaraan een elektronische creditnota of elektronische debetnota is gekoppeld, moet de bijbehorende DTE vooraf worden geannuleerd. Zodra de DTE is geannuleerd, is die situatie definitief en kan deze dus niet meer worden gewijzigd. In dit geval moet de geannuleerde DTE onveranderlijk en intact prevaleren en mag deze niet opnieuw worden gebruikt, en moet deze worden bewaard gedurende de termijn die is vastgelegd in de belastingwet.